如何将 pandas 数据帧转换为 NumPy 数组?
数据框:
import numpy as np
import pandas as pd
index = [1, 2, 3, 4, 5, 6, 7]
a = [np.nan, np.nan, np.nan, 0.1, 0.1, 0.1, 0.1]
b = [0.2, np.nan, 0.2, 0.2, 0.2, np.nan, np.nan]
c = [np.nan, 0.5, 0.5, np.nan, 0.5, 0.5, np.nan]
df = pd.DataFrame({'A': a, 'B': b, 'C': c}, index=index)
df = df.rename_axis('ID')
给
label A B C
ID
1 NaN 0.2 NaN
2 NaN NaN 0.5
3 NaN 0.2 0.5
4 0.1 0.2 NaN
5 0.1 0.2 0.5
6 0.1 NaN 0.5
7 0.1 NaN NaN
我想将其转换为 NumPy 数组,如下所示:
array([[ nan, 0.2, nan],
[ nan, nan, 0.5],
[ nan, 0.2, 0.5],
[ 0.1, 0.2, nan],
[ 0.1, 0.2, 0.5],
[ 0.1, nan, 0.5],
[ 0.1, nan, nan]])
另外,是否可以像这样保留数据类型?
array([[ 1, nan, 0.2, nan],
[ 2, nan, nan, 0.5],
[ 3, nan, 0.2, 0.5],
[ 4, 0.1, 0.2, nan],
[ 5, 0.1, 0.2, 0.5],
[ 6, 0.1, nan, 0.5],
[ 7, 0.1, nan, nan]],
dtype=[('ID', '<i4'), ('A', '<f8'), ('B', '<f8'), ('B', '<f8')])
df.to_numpy() 比 df.values 好,这就是为什么。*
现在是弃用 values
和 as_matrix()
的时候了。
pandas v0.24.0
引入了两种从 pandas 对象获取 NumPy 数组的新方法:
to_numpy(),它在 Index、Series 和 DataFrame 对象上定义,以及数组,它仅在 Index 和 Series 对象上定义。
如果您访问 .values
的 v0.24 文档,您会看到一条红色的大警告,上面写着:
警告:我们建议改用 DataFrame.to_numpy()。
有关详细信息,请参阅 this section of the v0.24.0 release notes 和 this answer。
* - 对于需要在未来的多个版本中可靠运行的任何生产代码,我推荐使用 to_numpy()
方法。但是,如果您只是在 jupyter 或终端中制作暂存器,则使用 .values
来节省几毫秒的输入时间是一个允许的例外。您可以随时添加适合 n 完成。
实现更好的一致性:to_numpy()
本着在整个 API 中实现更好一致性的精神,引入了一种新方法 to_numpy
,用于从 DataFrame 中提取底层 NumPy 数组。
# Setup
df = pd.DataFrame(data={'A': [1, 2, 3], 'B': [4, 5, 6], 'C': [7, 8, 9]},
index=['a', 'b', 'c'])
# Convert the entire DataFrame
df.to_numpy()
# array([[1, 4, 7],
# [2, 5, 8],
# [3, 6, 9]])
# Convert specific columns
df[['A', 'C']].to_numpy()
# array([[1, 7],
# [2, 8],
# [3, 9]])
如上所述,此方法也在 Index
和 Series
对象上定义(请参阅 here)。
df.index.to_numpy()
# array(['a', 'b', 'c'], dtype=object)
df['A'].to_numpy()
# array([1, 2, 3])
默认情况下,会返回一个视图,因此所做的任何修改都会影响原始视图。
v = df.to_numpy()
v[0, 0] = -1
df
A B C
a -1 4 7
b 2 5 8
c 3 6 9
如果您需要副本,请使用 to_numpy(copy=True)
。
扩展类型的熊猫 >= 1.0 更新
如果您使用的是 pandas 1.x,那么您可能会更多地处理扩展类型。您必须更加小心这些扩展类型是否正确转换。
a = pd.array([1, 2, None], dtype="Int64")
a
<IntegerArray>
[1, 2, <NA>]
Length: 3, dtype: Int64
# Wrong
a.to_numpy()
# array([1, 2, <NA>], dtype=object) # yuck, objects
# Correct
a.to_numpy(dtype='float', na_value=np.nan)
# array([ 1., 2., nan])
# Also correct
a.to_numpy(dtype='int', na_value=-1)
# array([ 1, 2, -1])
如果您需要结果中的 dtypes...
如另一个答案所示,DataFrame.to_records
是执行此操作的好方法。
df.to_records()
# rec.array([('a', 1, 4, 7), ('b', 2, 5, 8), ('c', 3, 6, 9)],
# dtype=[('index', 'O'), ('A', '<i8'), ('B', '<i8'), ('C', '<i8')])
很遗憾,这不能用 to_numpy
完成。但是,作为替代方案,您可以使用 np.rec.fromrecords
:
v = df.reset_index()
np.rec.fromrecords(v, names=v.columns.tolist())
# rec.array([('a', 1, 4, 7), ('b', 2, 5, 8), ('c', 3, 6, 9)],
# dtype=[('index', '<U1'), ('A', '<i8'), ('B', '<i8'), ('C', '<i8')])
性能方面,几乎相同(实际上,使用 rec.fromrecords
会快一点)。
df2 = pd.concat([df] * 10000)
%timeit df2.to_records()
%%timeit
v = df2.reset_index()
np.rec.fromrecords(v, names=v.columns.tolist())
12.9 ms ± 511 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 100 loops each)
9.56 ms ± 291 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 100 loops each)
添加新方法的理由
to_numpy()
(除了 array
)是在两个 GitHub 问题 GH19954 和 GH23623 下讨论的结果。
具体来说,文档提到了理由:
[...] .values 不清楚返回的值是实际数组、它的一些转换,还是熊猫自定义数组之一(如分类)。例如,使用 PeriodIndex,.values 每次都会生成一个新的周期对象 ndarray。 [...]
to_numpy
旨在提高 API 的一致性,这是朝着正确方向迈出的重要一步。 .values
在当前版本中不会被弃用,但我预计这可能会在未来的某个时候发生,因此我会敦促用户尽快迁移到更新的 API。
对其他解决方案的批评
如前所述,DataFrame.values
的行为不一致。
DataFrame.get_values()
只是 DataFrame.values
的包装,因此上述所有内容都适用。
DataFrame.as_matrix()
现在已弃用,请不使用!
要将 pandas 数据帧 (df) 转换为 numpy ndarray,请使用以下代码:
df.values
array([[nan, 0.2, nan],
[nan, nan, 0.5],
[nan, 0.2, 0.5],
[0.1, 0.2, nan],
[0.1, 0.2, 0.5],
[0.1, nan, 0.5],
[0.1, nan, nan]])
注意:此答案中使用的 .as_matrix()
方法已弃用。 Pandas 0.23.4 警告:
方法 .as_matrix 将在未来版本中删除。请改用 .values。
Pandas 内置了一些东西...
numpy_matrix = df.as_matrix()
给
array([[nan, 0.2, nan],
[nan, nan, 0.5],
[nan, 0.2, 0.5],
[0.1, 0.2, nan],
[0.1, 0.2, 0.5],
[0.1, nan, 0.5],
[0.1, nan, nan]])
object
。
我将链接 DataFrame.reset_index() 和 DataFrame.values 函数来获取数据帧的 Numpy 表示,包括索引:
In [8]: df
Out[8]:
A B C
0 -0.982726 0.150726 0.691625
1 0.617297 -0.471879 0.505547
2 0.417123 -1.356803 -1.013499
3 -0.166363 -0.957758 1.178659
4 -0.164103 0.074516 -0.674325
5 -0.340169 -0.293698 1.231791
6 -1.062825 0.556273 1.508058
7 0.959610 0.247539 0.091333
[8 rows x 3 columns]
In [9]: df.reset_index().values
Out[9]:
array([[ 0. , -0.98272574, 0.150726 , 0.69162512],
[ 1. , 0.61729734, -0.47187926, 0.50554728],
[ 2. , 0.4171228 , -1.35680324, -1.01349922],
[ 3. , -0.16636303, -0.95775849, 1.17865945],
[ 4. , -0.16410334, 0.0745164 , -0.67432474],
[ 5. , -0.34016865, -0.29369841, 1.23179064],
[ 6. , -1.06282542, 0.55627285, 1.50805754],
[ 7. , 0.95961001, 0.24753911, 0.09133339]])
要获得 dtype,我们需要使用 view 将此 ndarray 转换为结构化数组:
In [10]: df.reset_index().values.ravel().view(dtype=[('index', int), ('A', float), ('B', float), ('C', float)])
Out[10]:
array([( 0, -0.98272574, 0.150726 , 0.69162512),
( 1, 0.61729734, -0.47187926, 0.50554728),
( 2, 0.4171228 , -1.35680324, -1.01349922),
( 3, -0.16636303, -0.95775849, 1.17865945),
( 4, -0.16410334, 0.0745164 , -0.67432474),
( 5, -0.34016865, -0.29369841, 1.23179064),
( 6, -1.06282542, 0.55627285, 1.50805754),
( 7, 0.95961001, 0.24753911, 0.09133339),
dtype=[('index', '<i8'), ('A', '<f8'), ('B', '<f8'), ('C', '<f8')])
您可以使用 to_records
方法,但如果它们不是您从一开始就想要的,则必须使用 dtypes。在我的例子中,从字符串中复制了你的 DF,索引类型是字符串(由 pandas 中的 object
dtype 表示):
In [102]: df
Out[102]:
label A B C
ID
1 NaN 0.2 NaN
2 NaN NaN 0.5
3 NaN 0.2 0.5
4 0.1 0.2 NaN
5 0.1 0.2 0.5
6 0.1 NaN 0.5
7 0.1 NaN NaN
In [103]: df.index.dtype
Out[103]: dtype('object')
In [104]: df.to_records()
Out[104]:
rec.array([(1, nan, 0.2, nan), (2, nan, nan, 0.5), (3, nan, 0.2, 0.5),
(4, 0.1, 0.2, nan), (5, 0.1, 0.2, 0.5), (6, 0.1, nan, 0.5),
(7, 0.1, nan, nan)],
dtype=[('index', '|O8'), ('A', '<f8'), ('B', '<f8'), ('C', '<f8')])
In [106]: df.to_records().dtype
Out[106]: dtype([('index', '|O8'), ('A', '<f8'), ('B', '<f8'), ('C', '<f8')])
转换 recarray dtype 对我不起作用,但已经可以在 Pandas 中执行此操作:
In [109]: df.index = df.index.astype('i8')
In [111]: df.to_records().view([('ID', '<i8'), ('A', '<f8'), ('B', '<f8'), ('C', '<f8')])
Out[111]:
rec.array([(1, nan, 0.2, nan), (2, nan, nan, 0.5), (3, nan, 0.2, 0.5),
(4, 0.1, 0.2, nan), (5, 0.1, 0.2, 0.5), (6, 0.1, nan, 0.5),
(7, 0.1, nan, nan)],
dtype=[('ID', '<i8'), ('A', '<f8'), ('B', '<f8'), ('C', '<f8')])
请注意,Pandas 没有在导出的记录数组中正确设置索引的名称(到 ID
)(一个错误?),所以我们从类型转换中受益,也纠正了这一点。
目前,Pandas 只有 8 字节整数 i8
和浮点数 f8
(参见此 issue)。
np.array
构造函数。
df.to_records()
似乎对您有用。您正在寻找的确切功能 was requested 和 to_records
指出作为替代。
我使用您的示例在本地进行了尝试,该调用产生的结果与您正在寻找的输出非常相似:
rec.array([(1, nan, 0.2, nan), (2, nan, nan, 0.5), (3, nan, 0.2, 0.5),
(4, 0.1, 0.2, nan), (5, 0.1, 0.2, 0.5), (6, 0.1, nan, 0.5),
(7, 0.1, nan, nan)],
dtype=[(u'ID', '<i8'), (u'A', '<f8'), (u'B', '<f8'), (u'C', '<f8')])
请注意,这是 recarray
而不是 array
。您可以通过将其构造函数调用为 np.array(df.to_records())
将结果移动到常规 numpy 数组中。
to_records()
的其他答案相比,这个答案增加了什么?
尝试这个:
a = numpy.asarray(df)
这是我从 pandas DataFrame 制作结构数组的方法。
创建数据框
import pandas as pd
import numpy as np
import six
NaN = float('nan')
ID = [1, 2, 3, 4, 5, 6, 7]
A = [NaN, NaN, NaN, 0.1, 0.1, 0.1, 0.1]
B = [0.2, NaN, 0.2, 0.2, 0.2, NaN, NaN]
C = [NaN, 0.5, 0.5, NaN, 0.5, 0.5, NaN]
columns = {'A':A, 'B':B, 'C':C}
df = pd.DataFrame(columns, index=ID)
df.index.name = 'ID'
print(df)
A B C
ID
1 NaN 0.2 NaN
2 NaN NaN 0.5
3 NaN 0.2 0.5
4 0.1 0.2 NaN
5 0.1 0.2 0.5
6 0.1 NaN 0.5
7 0.1 NaN NaN
定义函数以从 pandas DataFrame 创建一个 numpy 结构数组(不是记录数组)。
def df_to_sarray(df):
"""
Convert a pandas DataFrame object to a numpy structured array.
This is functionally equivalent to but more efficient than
np.array(df.to_array())
:param df: the data frame to convert
:return: a numpy structured array representation of df
"""
v = df.values
cols = df.columns
if six.PY2: # python 2 needs .encode() but 3 does not
types = [(cols[i].encode(), df[k].dtype.type) for (i, k) in enumerate(cols)]
else:
types = [(cols[i], df[k].dtype.type) for (i, k) in enumerate(cols)]
dtype = np.dtype(types)
z = np.zeros(v.shape[0], dtype)
for (i, k) in enumerate(z.dtype.names):
z[k] = v[:, i]
return z
使用 reset_index
创建一个包含索引作为其数据一部分的新数据框。将该数据框转换为结构体数组。
sa = df_to_sarray(df.reset_index())
sa
array([(1L, nan, 0.2, nan), (2L, nan, nan, 0.5), (3L, nan, 0.2, 0.5),
(4L, 0.1, 0.2, nan), (5L, 0.1, 0.2, 0.5), (6L, 0.1, nan, 0.5),
(7L, 0.1, nan, nan)],
dtype=[('ID', '<i8'), ('A', '<f8'), ('B', '<f8'), ('C', '<f8')])
编辑:更新 df_to_sarray 以避免使用 python 3 调用 .encode() 时出错。感谢 Joseph Garvin 和 halcyon 的评论和解决方案。
示例 DataFrame 的更简单方法:
df
gbm nnet reg
0 12.097439 12.047437 12.100953
1 12.109811 12.070209 12.095288
2 11.720734 11.622139 11.740523
3 11.824557 11.926414 11.926527
4 11.800868 11.727730 11.729737
5 12.490984 12.502440 12.530894
利用:
np.array(df.to_records().view(type=np.matrix))
得到:
array([[(0, 12.097439 , 12.047437, 12.10095324),
(1, 12.10981081, 12.070209, 12.09528824),
(2, 11.72073428, 11.622139, 11.74052253),
(3, 11.82455653, 11.926414, 11.92652727),
(4, 11.80086775, 11.72773 , 11.72973699),
(5, 12.49098389, 12.50244 , 12.53089367)]],
dtype=(numpy.record, [('index', '<i8'), ('gbm', '<f8'), ('nnet', '<f4'),
('reg', '<f8')]))
将数据帧转换为其 Numpy 数组表示的两种方法。
mah_np_array = df.as_matrix(columns=None)
mah_np_array = df.values
文档:https://pandas.pydata.org/pandas-docs/stable/generated/pandas.DataFrame.as_matrix.html
我浏览了上面的答案。 “as_matrix()”方法有效,但现在已过时。对我来说,有效的是“.to_numpy()”。
这将返回一个多维数组。如果您从 excel 表中读取数据并且需要从任何索引访问数据,我会更喜欢使用此方法。希望这可以帮助 :)
从数据框导出到 arcgis 表时遇到了类似的问题,偶然发现了 usgs (https://my.usgs.gov/confluence/display/cdi/pandas.DataFrame+to+ArcGIS+Table) 的解决方案。简而言之,您的问题有类似的解决方案:
df
A B C
ID
1 NaN 0.2 NaN
2 NaN NaN 0.5
3 NaN 0.2 0.5
4 0.1 0.2 NaN
5 0.1 0.2 0.5
6 0.1 NaN 0.5
7 0.1 NaN NaN
np_data = np.array(np.rec.fromrecords(df.values))
np_names = df.dtypes.index.tolist()
np_data.dtype.names = tuple([name.encode('UTF8') for name in np_names])
np_data
array([( nan, 0.2, nan), ( nan, nan, 0.5), ( nan, 0.2, 0.5),
( 0.1, 0.2, nan), ( 0.1, 0.2, 0.5), ( 0.1, nan, 0.5),
( 0.1, nan, nan)],
dtype=(numpy.record, [('A', '<f8'), ('B', '<f8'), ('C', '<f8')]))
将数据帧转换为 numpy 数组的简单方法:
import pandas as pd
df = pd.DataFrame({"A": [1, 2], "B": [3, 4]})
df_to_array = df.to_numpy()
array([[1, 3],
[2, 4]])
鼓励使用 to_numpy 以保持一致性。
参考:https://pandas.pydata.org/pandas-docs/stable/reference/api/pandas.DataFrame.to_numpy.html
尝试这个:
np.array(df)
array([['ID', nan, nan, nan],
['1', nan, 0.2, nan],
['2', nan, nan, 0.5],
['3', nan, 0.2, 0.5],
['4', 0.1, 0.2, nan],
['5', 0.1, 0.2, 0.5],
['6', 0.1, nan, 0.5],
['7', 0.1, nan, nan]], dtype=object)
更多信息位于:[https://docs.scipy.org/doc/numpy/reference/generated/numpy.array.html] 适用于 numpy 1.16.5 和 pandas 0.25.2。
除了流星的回答,我找到了代码
df.index = df.index.astype('i8')
对我不起作用。所以我把我的代码放在这里是为了方便其他人遇到这个问题。
city_cluster_df = pd.read_csv(text_filepath, encoding='utf-8')
# the field 'city_en' is a string, when converted to Numpy array, it will be an object
city_cluster_arr = city_cluster_df[['city_en','lat','lon','cluster','cluster_filtered']].to_records()
descr=city_cluster_arr.dtype.descr
# change the field 'city_en' to string type (the index for 'city_en' here is 1 because before the field is the row index of dataframe)
descr[1]=(descr[1][0], "S20")
newArr=city_cluster_arr.astype(np.dtype(descr))
as_matrix
切换到另一个解决方案,在这种情况下,to_numpy
没有解释如何恢复列选择as_matrix
的功能!我确信还有其他方法可以选择列,但as_matrix
至少是其中之一!df[[col1, col2']].to_numpy()
?不知道为什么您认为想要宣传已弃用功能的更新替代品需要对答案投反对票。